Enterobacter sakazakii

 

Enterobacter sakazakii  adalah patogen oportunistik yang dapat menyebabkan infeksi seperti necrotizing enterocolitis, bakteremia, meningitis dan abses otak / lesi. Ketika spesies didefinisikan pada tahun 1980, 15 biogroups digambarkan dan disarankan bahwa bisa mewakili beberapa spesies. Dalam studi ini hubungan taksonomi strain digambarkan sebagai E. sakazakii selanjutnya diselidiki.

 

Strain diidentifikasi sebagai E. sakazakii dibagi menjadi kelompok terpisah berdasarkan f-AFLP sidik jari, ribopatterns dan full-length 16S rRNA urutan gen. DNA-DNA hibridisasi mengungkapkan lima genomospecies. Profil fenotipik dari genomospecies ditentukan dan penanda biokimia diidentifikasi.

Latar belakang

Enterobacter sakazakii didefinisikan sebagai spesies baru pada tahun 1980 oleh Farmer dkk Hibridisasi DNA-DNA tidak memberikan tugas generik yang jelas untuk E. sakazakii seperti yang terbukti 53-54% berhubungan dengan spesies dalam dua genera yang berbeda, Enterobacter dan Citrobacter. Namun spesies ini ditempatkan dalam Enterobacter karena muncul fenotip dan genotip lebih dekat dengan E. cloacae daripada C. freundii, spesies jenis dari genus ini. Dalam studi asli lima belas biogroups E. sakazakii digambarkan. Baru keberadaan biogroup keenam belas telah dilaporkan dan hubungan antara 16S rRNA gen urutan analisis, yang dipisahkan E. strain sakazakii ke dalam kelompok genetik beberapa, dan biogroups telah dibuktikan  . Keberadaan kelompok-kelompok yang berbeda tampaknya mendukung saran Petani dkk bahwa E. sakazakii mungkin pelabuhan spesies yang berbeda . Namun penelitian sebelumnya didasarkan pada hanya sebagian (~ 500 pb) analisis rRNA 16S gen urutan, sedangkan untuk tujuan taksonomi gen lengkap harus diurutkan (> 1300 bp dengan kurang dari 0,5% basis belum ditentukan). Hal ini sampai saat ini telah umum diterima bahwa tidak mungkin bahwa dua jenis bakteri berasal dari spesies yang sama jika kesamaan antara gen rRNA 16S mereka adalah <97% , tetapi berdasarkan evaluasi yang luas dari data yang diterbitkan nilai ini telah diubah ke kisaran antara 98,7-99%. Untuk strain yang 16S rRNA gen kesamaan melebihi nilai ambang, alat tes reassociation DNA-DNA harus dilakukan dan hanya jika tes ini mengungkapkan lebih dari 70% keterkaitan kita bisa menyimpulkan bahwa strain berasal dari spesies yang sama .

DNA profiling metode seperti ribotyping [] dan polimorfisme panjang fragmen diamplifikasi (AFLP) telah ditunjukkan untuk diskriminasi pada spesies dan subspesies tingkat dan dapat memberikan informasi tambahan yang berharga dalam studi taksonomi. Teknik AFLP telah digunakan di pabrik dan penelitian mikrobiologi untuk menggambarkan ekologi molekul berbagai ceruk dan teknik ini dapat digunakan untuk menentukan keterkaitan antar-dan intra-spesies . Mougel dkk menemukan bahwa anggota spesies genom yang sama Cluster konsisten menggunakan analisis AFLP dan menyarankan bahwa delineasi genom masa depan spesies bakteri dapat didasarkan pada pendekatan ini.

Dalam studi ini, metode molekuler independen, termasuk f-AFLP, ribotyping otomatis, full-length 16S rRNA gen sequencing dan DNA-DNA hibridisasi, dipekerjakan untuk memperjelas hubungan taksonomi dari 210 strain saat ini digambarkan sebagai E. sakazakii dan amandemen terhadap klasifikasi organisme ini diusulkan.

Hasil dan Diskusi

The 210 E. strain sakazakii ditugaskan untuk biogroups sebagai awalnya dijelaskan oleh Farmer dkk dengan penambahan biogroup 16 seperti yang dijelaskan oleh Iversen et al . Yang mendefinisikan karakteristik yang digunakan untuk mengidentifikasi setiap biogroup (berkas tambahan) adalah sebagaimana dijelaskan sebelumnya. 16S rRNA panjang penuh sekuens gen, yang terdiri lebih dari 1300 bp dengan kurang dari 0,5% posisi belum ditentukan, diperoleh untuk 66 E. strain sakazakii wakil dari biogroups berbeda dan 13 strain wakil dari spesies lain. Urutan tambahan download dari database EMBL. Dalam perjanjian dengan sebelumnya rRNA 16S parsial gen sequencing, mayoritas penuh panjang E. 16S rRNA sakazakii urutan gen bergerombol erat dengan galur, E. sakazakii ATCC 29544 ^T (). Urutan yang tersisa membentuk tiga kelompok . Perwakilan strain (n = 51) dibandingkan dengan menggunakan f-AFLP . Perhitungan titik-bisectional korelasi statistik untuk membatasi cluster relevan menghasilkan dua kelompok menyamakan dengan kelompok 16S rRNA 1 & 2 dan rRNA 16S kelompok 3 & 4. Pada cut off tingkat kemiripan 50% enam kelompok dapat digambarkan, yang berhubungan dengan strain yang termasuk kelompok 16S rRNA 1 sampai 4 ditambah subset dari kelompok 1 terdiri dari strain biogroups 5 & 9  dan subset dari kelompok 2 . Ribotyping dilakukan untuk 209 jenis termasuk perwakilan dari semua biogroups berbeda Semua E. strain sakazakii bersama lebih dari 62% kesamaan pola sedangkan Enterobacteriaceae lain berbagi kurang dari 62% kesamaan pola dengan E. sakazakii strain. Sebuah kesamaan yang lebih besar dari 70% digunakan untuk menggambarkan E. terpisah kelompok sakazakii mengakibatkan empat cluster 1-R, 2-R, 3-R, dan 4-R, yang sesuai dengan kelompok 16S rRNA 1-4.